La Historia Clínica es sin duda la columna vertebral o núcleo (kernel) de IPSOFT –SIIS, la aplicación esta diseñada de esa forma desde que nació, la cual significa que su estructura de datos o arquitectura interna fue cimentada sobre la estructura de la Historia Clínica, la cual es fundamental pues la historia Clínica es sin duda la columna vertebral de cualquier institución de salud y es la fuente de toda la información de facturación y en general administrativa y financiera.

La Historia Clínica de IPSOFT-SIIS no es un modulo aparte que se interfase con el resto de la aplicación  lo cual es una solución muy poco eficiente, la Historia Clínica de SIIS es estructuralmente el eje de la aplicación.

Una vez el paciente a sido admitido, se inicia la atención por parte de los médicos. Para ello el profesional utiliza el modulo de Historia Clínica para hacer la valoración del paciente y registrar todos los procedimientos, los medicamentos y de mas servicios que sobre el paciente realice siendo cargados automáticamente a la factura en el mismo momento y lugar de la atención.